マーベル・シネマティック・ユニバース入りしたスパイダーマンの活躍を描くシリーズ第2作。

【アベンジャーズ/エンドゲーム】での戦いの後、ピーターは、親友のネッドやMJたちと2週間の夏休み旅行でヨーロッパ旅行へ出かける。
そこに突如、S.H.I.E.L.D.の長官ニック・フューリーが現れ、ピーターは新たなミッションを課される。
さらに、巨大な敵を前にしたピーターの前に謎の人物が現れ……。