アメコミヒーロー映画の傑作として続く『X-MEN』シリーズの第7作。

X-MENのリーダーであるプロフェッサーXの右腕として、メンバーからの信頼も厚い優等生のジーン・グレイだったが、ある宇宙ミッションでの事故をきっかけに、抑え込まれていたもうひとつの人格「ダーク・フェニックス」が解放されてしまう。

ジーン自身にも制御不能なダーク・フェニックスは暴走をはじめ、地上の生命体が全滅しかねない。そんなジーンを理解する仲間たちは彼女を救おうと手を差し伸べるが、彼女の解き放った力が思いがけない悲劇を引き起こしてしまう…。