大海原を舞台に生命の秘密を描いた名作コミック「海獣の子供」を、アニメ映画化。

自分の気持ちを言葉にするのが苦手な中学生の琉花は、夏休み初日に部活で問題を起こしてしまう。
母親とも距離を置いていた彼女は、夏休みの間、家にも学校にも居場所がなく、父親の働いている水族館へと足を運ぶ。
そこで彼女は、ジュゴンに育てられたという不思議な少年・海と、その兄である空と出会う。
3人の出会いをきかっけに、地球上では様々な現象が起こり始める。