星女学院に通い、スクールアイドル「Aqours」として成長していく9人の少女たちの姿を描いたテレビシリーズに続く、完全新作ストーリーが描かれる。

スクールアイドルの祭典「ラブライブ!」で優勝を果たした高海千歌ら「Aqours」だったが、新たな学校への編入の準備を進める2年生や1年生に、想定外のトラブルが発生。