「ゴジラ」シリーズ初のアニメーション映画として製作された「GODZILLA」3部作の最終章。2万年をかけて進化した最大のゴジラ=ゴジラ・アースと、ゴジラから地球を取り戻すべく戦う人類の壮絶な戦いを描く。
数々の戦闘を繰り広げ、ゴジラ・アースに太刀打ちできるものがいなくなった地球に、金色の閃光をまとった「ギドラ」が降臨する。