ミケランジェロ、ドナテロ、ラファエロ、レオナルドは、動物を人間のような姿に変える不思議な液体「ミュータンジェン」に触れたことでミュータントとなったカメたち。

目立つ姿を隠すため地下や路地裏で身をひそめるように過ごしているが、ニューヨークの住人たちに普通のティーンエイジャーとして受け入れてもらい、愛されたいと夢を抱きながら、日々を過ごしていた。

ある時、そんな彼らの前に、ハエのスーパーフライを筆頭としたミュータント軍団が現れる。同じミュータントの仲間がいたことを喜ぶタートルズだったが、スーパーフライ軍団は人間社会を乗っ取るという野望を抱いていた…